Hola, parece que el problema es de octavación. Es decir hay que octavar la guitarra o lo que algunos de ustedes llaman quintarla.
pueden ser un par de cosas, 1 , hay un problema en tu guitarra, o esta mal quintada, o lo mas probable, es que tengas cuerdas MUY viejas y oxidadas, por lo cual la guitarra miente, y suena desafinado, si tus cuerdas tienen mas de 3 meses/estan oxidadas, cambialas por otras nuevas, salen baratas y es facil cambiarlas (a menos uqe tengas floyd pero no es mi caso xD)
despues de cambiarlas , limpias tu guitarra, regulas la altura en cuerdas, la curvatura del mastil (por medio del alma) y despues quintas, y por ultimo , regulas la altura de tus mics, y despues de hacer esto, te das cuenta de que le hiciste un service completo a la guitarra y deberia haber quedado mejor que nueva xD , suerte, si tenes dudas, busca aca en el foro hacerca de la curvatura del alma que es el tema mas delicado, el cambio de cuerdas es una boludez