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No tiene que ocurrir nada si no le da el aire directamente sobre la guitarra, lo único que puede ocurrir es que notes que la afinación de la guitarra sube o baja en todas sus cuerdas dependiendo de si lo tienes en marcha o apagado, esto ocurre porque a más calor las cuerdas se destensan y a más frio se tensan. A mi me ocurre esto en el local donde toco.
Otra cosa que podria motivar el mismo aire acondicionado dependiendo el modo en que lo uses seria que en la posicion de deshumificador (y en la de frio tambien pasa pero no en tanta cantidad) que se te reseque mas pronto la madera del mastil, teniendo que hidratarlo mas a menudo. Por lo demas, a parte de la afinacion ya comentada, no creo que tengas mas problemas.
Aparte de la afinacion, no deberias tener problemas, pero te recomiendo que siempre guardes tu guitarra en su funda, asi estara protegida.
si es una guitarra muy especial podrías dedicarle algún cuidado acorde a su categoría, pero con una guitarra normal, no le veo mucho sentido.
Aparte de los cambios de temperatura, que a cualquier cosa de madera le afectan, es importante tambien la humedad ya que los aparatos de aire acondicionado tienden a secar el ambiente...
Yo no le daría mayor importancia a no ser que notes que algo no va bien.