Seguramente habrás puesto unas cuerdas de un calibre mayor del que tenía ( salvo que hayas tocado el puente ). Acompaña el post con fotos de como está la situación y el encastre del mástil y se te ayudará mejor
El problema que mencionas puede deberse principalmente a 2 motivos:
1.- Al montar el mástil sobre el cuerpo las superficies no han quedado totalmente ajustadas. Esto hace que el mástil quede inclinado dejando las cuerdas muy elevadas por los trastes 16..al..21. Limpia muy bien ambas superficies antes de unirlas, asegurando que no hay ninguna astilla de madera entre ellas.
2.- Si has desmontado el puente y has movido los tornillos de ajuste en altura (dependiendo del tipo de puente), puede que ahora esté mas alto que antes. En este caso ajusta los tornillos para ir bajando el puente de ambos lados, ve probando que no se produce trasteo en ninguna cuerda en cada uno de los trastes. Cuando la altura de cuerdas te sea cómoda, listo.
En realidad es una solución 'no profesional', no necesitaras un ajuste completo si no has tocado el tornillo del alma del mástil y éste no ha cambiado su curvatura. Pero teniendo en cuenta que has desmontado la guitarra por completo entiendo que no te asustan los ajustes... ja ja.
Suerte.