Lo primero de todo hay que confirmar la calidad del puente floyd rose que tengas. Como ellos mismos dicen en su documentación, si es un floyd rose original o una serie de las que las cuchillas se hacen con acero templado (como los que se hacen en alemania) es difícil estropear las cuchillas sólo por realizar algunos ajustes, incluso aunque sea con las cuerdas en tensión.
Sin embargo, si es un floyd licenciado o de baja calidad casi que cualquier ajuste con tensión hará que empiecen a estropearse. Yo he tenido muchas guitarras con ambos tipos, y en los licenciados se estropea tanto la cuchilla como el poste sólo con mirarlos. En los originales, y aunque yo siempre aflojo las cuerdas y sujeto el puente antes de ajustar, nunca he tenido problema alguno.
Dicho esto, mi recomendación es que lo desmontes con mucho cuidado (ya que desmontarlo mal puede ser otra causa de desgaste y que se estropeen las cuchillas y postes) y compruebes si realmente están gastadas o estropeadas. Si lo haces, nos pones unas fotos y lo vemos entre todos. También que nos comentes qué guitarra y qué puente exacto lleva.
Por otra parte, hay otras muchas razones por las que un floyd puede desafinar. Lamentablemente yo sólo he conseguido que se mantengan perfectamente en tono algunos ibanez de gama alta, los floyd rose originales, los de serie 1000 y los especial (estos últimos se gastan antes), pero con los licenciados en seguida se van de tono, no tienen calidad suficiente. (hablo de genéricos, los gotoh, schaller, etc... no los he probado pero deberían ir bien también)
Podrían estar las cuerdas gastadas, la cejuela mal apretada o ajustada, el puente mal nivelado, los muelles no equilibrados, las selletas desgastadas, etc... Si es un floyd original, yo primero miraría otras posibles causas
Suerte!
P.D: Si están marcados los postes, lo verás en seguida. Yo he intentado (con herramientas adecuadas) limar alguna vez unas cuchillas y siempre han acabado en desastre, no te lo recomiendo para nada, si el puente es de los caros y ese es el problema, llévalo a buen luthier!