No es necesario que cuentes en que cuerdas las tocas, un acorde es un conjunto de notas, sea con el instrumento que sea.
A veces lo acordes pueden ser interpretados de diferentes formas. En este caso puedes ir bastante bien encaminado pensando que es un EMaj7, pero también con una 9ª (F#).
No se si existirá un método rápido e infalible para saber cuál es exactamente, pero yo suelo utilizar la lógica. Por ej. podría pensar que es un G#-7, pero en ese caso ¿qué seria E? una tensión no permitida, porque no está 1 tono por encima de las notas principales del acorde.
Las novenas nunca estan en una posicion tan grave, es muy raro, suelen estar en el tiple.
Ese acorde que pones parece un poco azaroso, o hay algunas notas de adorno que sin el contexto no esta claro o no va a sonar a nada en concreto tonalmente
En ese contexto a mí no me suena muy bien el acorde. Además podría tener muchos cifrados, F#7sus4 9 13, B7sus4 13/F# o E Maj7/F#, vamos un lío de narices. Lo primero que yo intentaría es hacer las cejillas donde sea estrictamente necesario, ese truquillo de mantener cejillas nunca me ha parecido una buena solución porque, como pasa en este caso, al cambiar el bajo del acorde puede confundir o sonar mal. Si no otra cosa que se me ocurre es que hagas cejilla hasta la 5ª cuerda y dejes la 6ª al aire, así tendrás como bajo la fundamental de E Maj7. Una 9ª como bajo te cambia el acorde, yo lo estudié como "acordes híbridos".
¿Estás seguro de que la afinación es estándar? ¿No será que la 6ª cuerda está bajada un tono? Así sería un Mi y todo encajaría.