Hombre hacerlo muchas veces creo que si, no es bueno estar jugando con la tensión del mástil, pero por que lo hagas unas cuantas veces, no pasa nada
Como dice M.G-Z,, si lo haces para tocar una cancion y despues vuelves a la afinacion standard no pasa nada, pero si todo el tiempo estas cambiando de afinacion no le hara nada bien al mastil, ademas acortaras la vida util de las cuerdas y te desafinara mas,, es por eso q muchos guitarristas tienen mas de una guitarra, cada una con una afinacion diferente, y es mas comodo en el escenario ya q no tienes q andar afinando la guitarra arriba del escenario
Como dice AgusZero, con un 0,09 te va a quedar muy muy suelto ademas, para drop c lo normal es usar un 0.11-0,52, o incluso lo ideal en este caso, como la 6 cuerda es un tono mas bajo, poner en esta cuerda un 0,54.
Lo que puedes hacer, es pasarte a D (re) en afinacion normal con el calibre 0.11-0,52, y siempre que quieras pasarte a drop c, pos bajar simplemente un tono en la sexta cuerda. Asi puedes usar una afinacion u otra, pero de E (mi) a drop c, es mucho cambiopara ser un mismo calibre de cuerdas espero que esto te ayude un poco:)