Pulsa el botón derecho y en el menú contextural elige "Configuración..." y desactiva allí la casilla de "Activar aceleración de hardware"
Después deberás reiniciar todas las instancias que tengas abiertas del navegador y comprueba si funciona (no creo que no tengas qie reinicar el güindous, debería bastar con el navegador).
Pero hay una cosa que no entiendo dices que en menú del Flash player sí aparece el item "Configurar..." pero que cuando le das no aparece nada ¿no?.
Es muy probable que lo estés intentando en modo a pantalla completa. Ahí, curiosamente, no sale la ventana de configuración. Tienes que hacerlo con la ventana pequeña, por ejemplo, la que te sale por defecto en el youtube.
Si, lo hago a pantalla pequeña. Lo curioso es que los videos del youtuve los veo sin problemas...