Buenas.
Primero tienes que tener en cuenta en qué TONALIDAD va la base armónica (acordes). Comentas si hay que tener en cuenta el modo en el que tocas sobre cada acorde...; bueno si esos acordes están dentro de la tonalidad no pasa nada, es decir si la base está en C mayor, no tienes por qué cambiar de modo si luego va un E menor. Es decir, en tonalidad C mayor (traste 8), el modo jónico contempla las notas C, D, E, F, G, A y B. En el modo dórico (empezando en traste 10), o frigio en el 12 tienes exactamente las mismas notas.
Debes diferenciar el tocar música modal (que es distinta de la música tonal) o lo que típicamente se le llama tocar un modo sobre una posición en el mástil para definir una tonalidad.
Pones el ej. de tocar diferentes modos sobre C mayor. Si esos modos los tocas cada uno en su sitio original -jónico en traste 8, dórico en 10, locrio en 7...- no estarás haciendo otra cosa que tocar música tonal, no modal.
La restricción llega cuando tienes acordes que contienen notas incompatibles con algunos modos. Cuantas más notas tengan los acordes de la base, menos serán los modos compatibles que podrás combinar con esa armonía.
Por ej. si coges una secuencia de "acordes" de 5ª, D (con A, su 5ª), C con G, y G con D, tienes 4 notas que forman esa secuencia: A, C, D y G. Tienes 4 modos que son compatibles con esas notas (modos que sitúas empezando en el trate 8, cuerda 6). Esos modos serían el lidio (ponla en el traste 8 y verás que las notas A C D y G las tienes en esa figura), dórico, jónico y mixolidio.
Por su puesto, al mover todas estas posiciones al traste 8, tendrías que mover el resto de posiciones a su respectivos trastes, que se moverán tantos trastes hacia delante o detrás como hayas necesitado mover esos al 8. Los modos (1 respecto a otro) van siempre en el mismo orden, como si fueran pegados en una cinta, y tú lo que haces es mover esa cita hacia delante o hacia atrás.
Si tienes GP5 te pongo un ej práctico.
Por el momento que caiga un +1 que me lo he currado:D