Lo mejor es que conectes la guitarra a tu línea de entrada y vayas a las propiedades de audio y selecciones la línea de entrada como fuente de entrada o dispositivo de grabación y abras el afinador.
Otra opción es (si tienes una guitarra acustica) metes el micrófono dentro de la cavidad de la guitarra y vas a propiedades de audio pero en las de grabación y seleccionas microfono como dispositivo de grabación.
Esto es en windows Xp, si usas vista no tengo idea.
En windows XP es asi:
Vas a panel de control >> Dispositivos de sonido y audio >> Propiedades avanzadas
Ahi vas a Opcines >> Propiedades
Seleccionas Grabación y activas las casillas de Microfono y Linea de entrada si estan desactivadas y das clic en aceptar.
Por ultimo, en las propiedades de grabación seleccionas el dispositivo que vas a usar ya sea el microfono o la linea de entrada (solo puedes selccionar uno) y subes o bajas el vloumen si lo necesitas. Listo.
Debes saber diferenciar bien la entrada de microfono y la Linea de Entrada (en mi tarjeta de sonido intergrada la entrada de borde rojo es el microfono y la azul es linea de entrada) y bueno, espero esto te sirva de algo. Si tienes vista no se que hacer.
Saludos.