Si conectas la guitarra directo al PC preferiblemente usa la entrada microfono, si lo conectas de un pod, una mesa, o cualquier otro aparato digital, mejor utiliza el line-in.
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Aunque el problema tuyo ya no esta ahi, ya que igual deberia sonarte. El problema debe ser la configuración que tienes en el guitar rig. Fijate bien donde estas conectando la guitarra, es decir, que puerto de tu tarjeta y que tarjeta de tu pc (en caso de tener mas de una instalada) estas utilizando.
Luego te vas al guitar rig en donde dice Audio and MIDI Settings... y ahi en la pestaña Routing debes colocar tus inputs y los outputs que estas utilizando.
Otro consejo mas: utiliza los ASIO4ALL como drivers, son muy recomendados sino tienes tarjeta de audio de las buenas porq te reduce la latencia. Suerte.