Son las cuerdas nuevas? Porque éstas necesitan algo de "rodaje". Si ya tienen unos días y sigue desafinándose controla que todos los elementos que tocan la cuerda sean "estables" y que no tengan juego.
El tema de la altura de las cuerdas. Como siempre va a gustos. Hay a quien le gustan algo más altas pero en mi caso yo prefiero tenerlas todo lo bajas que sea posible, al límite del trasteo.
Debes poner todos los microafinadores al medio, luego aflojar el seguro que apreta las cuerdas para que no se desafine palanqueando, y ahi debes afinar la guitarra usando las clavijas hasta que masomenos quede afinada. Luego debes apretar los seguros de la siguiente forma : 1ero el seguro que apreta la 6ta y 5ta cuerda, luego el seguro q apreta la 1era y 2da cuerda y finalmente el seguro del medio. Luego debes afinar o desafinar desde el microafinador para darle el toque final, y una vez que se desafinen algunas cuerdas 2 o 3 veces, luego no se desafinaran mas por un largo tiempo.