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En teoría, el "ruteo digital" que se produce internamente en el pedal es como e de los amplificadores convencionales, que tienen una sección de previo y una sección de etapa de potencia, la primera gestiona la EQ, los volúmenes, los canales del ampli, la segunda solo amplifica, pero también aporta su color por el tipo de válvulas e incluso cierta saturación dependiendo de la caña que le metan.
Si metes un delay por el input y usas la saturación (que viene del previo) del ampli, las repeticiones irán antes de la distorsión, entonces el ampli saturará la señal de la guitarra y repetirá la señal ya saturada, volviendo a saturar las colas de repetición provocando muchas veces un sonido poco agradable. Si pones el delay después del previo (el loop está entre el previo y la etapa de potencia) las repeticiones serán más claras porque repetirá lo distorsionado y no distorsionará lo repetido, por hacer un juego de palabras.
Lo mismo pasa con algunos efectos de modulación, suele sonar mejor añadir la onda oscilante a lo ya distorsionado y no distorsionar la onda. Aunque mucha gente usa el Phaser (que es un efecto de modulación), por ejemplo, antes del previo, por cuestión de gustos.
Obviamente, si usas amplis solo limpio y usas la saturación proveniente de pedales el loop es hasta cierto punto prescindible (porque pondrías las distorsiones antes y los delays y modulaciones después). PERO, en el caso del Boss el input es mono, por lo que si quieres usar modulaciones o delays estéreo, ese efecto lo podrás obtener solo gracias al loop que es estéreo.
Espero haberme explicado