Normalmente los problemas de afinacion suelen provenir de una cejuela con problemas.
Posiblemente no notes nada con cambiar los clavijeros y absolutamente nada (en cuanto a afinacion) con el puente.
Si pones un puente nuevo, que sea de calidad (gotoh) y notaras un salto cualitativo importante en cuanto a calidad de sonido, si ademas cambias la cejuela por una de hueso posiblemente se solucionen los problemas de estabilidad en la afinacion.
Gracias amigo por tu consejo, un saludo.