Bueno mas o menos tienes un ampli y guitarra, aunque de gama baja, lo mas parecido a lo que el usa normalmente (ampli fender y guitarra fender) o eso creo. Empieza a ver videos y fotos donde puedas ver bien el seteo del ampli y la guitarra ( que posicion de pastilla suele usar para dicha cancion) y aun asi no creo que te acerques mucho pero algo es algo ya que no tienes los dedos de el ni el equipo exacto (usa muchos pedales) pero puedes empezar por ahi.
Los youtubers que hacen buenos cover y suenan igual o casi igual suelen hacerlo con buenos equipos .... Mirate foros que seguramente veas fotos de seteos o datos para calcar el sonido Frusciante , navega , investiga y sobre todo paciencia.
mucha parte del sonido de frusciante, aparte de sus manos, efectos y amplificador, que ya es mucho... viene también de las duncan ssl1 o ssl5 en puente y ssl1 en medio y mástil que normalmente monta, tus pastillas no van a dar ese sonido porque no tienen esa calidad... aparte las monta en unas stratos que poco tienen que ver con la tuya, la squier standrad normalmente es de tilo o agathis... y el tono strato se resiente bastante también.
Podrías mejorar el sonido con pastillas, más aún con otra guitarra... y efectos y amplis ni te cuento, no es un sonido que se saque sólo de "ecualizar" cualquier ampli con cualquier guitarra.
De ampli él usaba Marshalls sobre todo pero no hace falta, lo mejor es intentar acercarse a base de técnica y ecualización.
Si Under the bridge te suena muy agudo prueba a usar la pastilla del mástil o la del medio, quítale agudos al ampli, quizás tambén ganancia.
Yo pasaría de efectos y equipo por el momento, salvo para casos muy concretos (como un wah, una distorsión o algún chorus o phaser) no son tan necesarios. Antes tocaba muy rollo Frusciante (de hecho en un grupo cover de RHCP) con una Squier también, un Vox valvetronix y un POD xt live, osáa, nada que ver tampoco con su equipo...