si la tocas en G#m, lo mejor seria usar los dedos 1 3 4 con el pulgar paralelo al dedo indice, porque si la tocas con 1 2 3 fuerzas más los dedos y la mano, y mas aun con el pulgar paralelo al dedo medio. Aunque en realidad de las dos maneras se puede sólo que es mas conveniente de la primera...
hay una version arriba en Am afinada en D# si tocas esa entonces la estas haciendo bien.
el dolor puede ser normal de primeras ya que practicamente tocas el mismo riff en 5 minutos xD pero si sigue entonces debe ser la posicion de la mano. aunque no soy el mas indicado para hablar de dolores, sólo dire que si te sigue el dolor no te fuerces en tocar.
Como te ha dicho Wes7Joplin toca con el meñique ya que te sera mas facil... El dolor puede venir de no estar acostumbrado a tocar un riff durante tanto tiempo y de ese tipo como me paso a mi!
Por cierto, tienes buen gusto musical! jajaja