Los equipos de transistores tienen la ventaja de que son más baratos y fiables. El problema es que su sonido no convence a todos los guitarristas. Aunque como ya se ha dicho por aquí, hay equipo a transistores con un sonido excelente.
Los equipos a válvulas son más propensos a fallar, necesitan mantenimiento y son más caros. ¿Suenan mejor? Depende en el tipo de sonidos en el que te muevas, pero en general sí. Si buscas un limpio cálido y vibrante, o una saturación envolvente son la mejor opción. Para alta ganancia y distorsión hay quien prefiere transistores. Yo tengo un Line 6 Spider III a transistores y un Fender Super Champ a válvulas, y son amplis que se complementan muy bien, donde no llega uno llega el otro
Mientras el ampli suene bien, no es determinante la manera en que produce el sonido.
Respecto a pedales/pedaleras... Ya he dicho en otras ocasiones que las pedaleras acaban pasando de moda, mientras que los pedales se mantienen. Hay pedaleras con buenos sonidos, pero normalmente flaquean en algún tipo de efecto. Y hay que admitir que no vas a usar todos sus efectos, por lo que puede ser preferible tener los pedales que necesites y que te ofrezcan mejor sonido (ten en cuenta que esto puede ser igual o incluso más caro que comprar un buena pedalera).
Otro factor que no debes pasar por alto es usar cables de calidad, sobretodo en directo.