Yo, como tampoco entiendo nada, voy a interpretar.
Entiendo que la pregunta es que por qué si coloco una pastilla de mástil en la posición de la del puente no suena igual y qué hay que hacer para que, efectivamente, lo haga y suene igual.
No sé bien a qué te refieres con ecualizar, si a un EQ, a un proceso de software, a ecualizar en mesa o a ajustar la pastilla.
La cuestión es que el sonido de una pastilla en las distintas posiciones bajo las cuerdas no tiene que ver sólo con la construcción de la misma si no que, precisamente, se diseña para captar unas propiedades físicas de una cuerda en vibración respecto a la posición en la que se coloca.
Hay un artículo muy majo (que me ha costado un poco encontrar):
http://www.till.com/articles/PickupResponse/
La cuestión es que una cuerda no vibra de la misma manera a unos pocos centímetros del puente que a unos pocos centímetros del mástil. Aparte y relacionado con eso, en el caso de que toquemos con púa, tampoco es lo mismo atacar la cuerda en un sitio o en otro (o con los dedos, Cliff Burton es buen ejemplo).
¿Qué utilizando EQ y recortando agudos (yo más que recortar, comprimiría para intentar disimular el ataque) y expandiendo graves se pueden sacar otros sonidos? Seguro que sí, y cambiando la altura de la pastilla y con un montón de cosas más, pero va a ser muy difícil que una pastilla a pocos centímetros del puente capture el carácter que tiene la cuerda bastantes centímetros más hacia adelante.
No sé si es esto a lo que te refieres.
Para hacer experimentos, a mi el artículo ése me parece buen punto de partida. Hacía el final comenta una patente de Roland para emular lo que creo que buscas, pero claro, no es una EQ.