Lo único que se me podría ocurrir... es que depende como esté cableado el circuito pueda mitigar un poco la salida de la pastilla y lo mismo la pedalera no detecte una señal mínima de entrada... es, dando aquí vueltas, lo único que se me pudiera ocurrir...
Haz la prueba compi, tienes puerta de ruído configurada en la pedalera? desactivala... y a ver si vuelve la señal