NAPL: si el afinador te funciona bien con las cuerdas al aire te tiene que funcionar bien con una octava más (igual es sólo un problema de pila gastada). El problema tuyo casi seguro es que tienes la guitarra desoctavada aunque tú creas que no, y no del afinador. Además, no pretendas que te capte la variación de la entonación al actuar sobre la selleta mientras está sonando la cuerda porque los afinadores normales no son capaces de hacerlo (hablamos de variaciones mínimas por lo que el afinador tendría que ser tremendamente sensible, y caro), aparte de que no se hace así. La mecánica es: afinar cuerda al aire y fijarse exactamente dónde se para la aguja, si es en el "0" exacto mejor; pulsas suavemente el traste 12, compruebas que se pare exactamente en el mismo sitio que dando al aire, si no mueves la selleta hacia un solo lado bien apretando o aflojando, revisas, afinas, mueves, etc, siempre dando primero al aire y al 12º. Depende de cómo esté la guitarra podemos estar hablando de realizar 20 ó 30 mediciones por cada cuerda y si no tienes mucha práctica, de una horita de trabajo como nada. Sí, la octavación es un verdadero coñazo, pero es así.
Tened en cuenta una cosa importante, especialmente SOBER que lo ha comentado:
Al quintar u octavar una guitarra cada cuerda al aire y PISADA en el traste 12 tiene que dar la misma lectura en el afinador. Digo PISADA con mayúsculas porque es muy común, si lo haces con armónicos, que parezca que el armónico te da bien pero al pisar la cuerda no. Así que olvidaos de los armónicos para este tipo de ajuste: si normalmente tocas pisando las cuerdas tendrás que ajustarla pisando las cuerdas ¿no?
RUBLALUP: tú lo has dicho. Para mí llevar la guitarra al luthier a octavar es como llevar el coche al taller para que te llenen de agua el depósito del limpiaparabrisas.