Se recomienda poner la ecualización del ampli a las 12 en punto, así se intenta mantener una ecualización plana que no coloree teóricamente los presets de la pedalera.
El uso más normal es lo que te dice Ramón: deja la ecualización del ampli a la mitad de su recorrido, y ecualiza cada preset usando el ecualizador de la boss.
En "teoría", la sección de ecualización analógica de un ampli decente debería ser más fácil de usar y darte mejores resultados para el oído que el ecualizador digital de esa boss... pero en la mayoría de casos de uso, lo más cómodo es eso: ecualización del ampli neutra, y ajuste en cada preset de la pedalera.
La EQ de la pedalera es muy útil para eliminar ruidos y frecuencias "molestas", o a la hora de simular sonidos de pantallas o amplis. Utiliza la EQ de la pedalera hasta que encuentres el sonido que te mole, y luego utiliza la del ampli para adaptarte a las circunstancias, si vas a tocar en un sitio diferente, con más gente a parte de tu sólo, etc.
Gracias a todos ya lo tengo claro