Bueno, en esencia, un pedal digital cuenta con componentes digitales, (compuertas lógicas, memorias, etc), además de usar switches muy pequeños y sencillos.
Los analógicos usan puramente componentes analógicos, (diodos, transistores, amp op, resistencias, capacitores y poco más), algunos llevan switches muy robustos como los true bypass y otros similares a los digitales como los buffer.
Que diferencias hay, es una larga lista, ya que hay tipos de pedales en ambas presentaciones, hay pedales que solo se dan en analógicos y pedales que solo se dan en digital.
Como los afinadores, creo que solo los hay digitales, o al menos los actuales más destacados (Polytune, BOSS Chromatic Tuner, Peterson Strobostomp) creo recordar un fender que era analógico, tenía una aguja como un tacómetro, era un tanto impreciso, pero quizá si era digital, la verdad no lo sé.
Los chorus, creo que depende de tus necesidades, los chorus digitales suelen tener un sin fin de posibilidades (TC Electronic Corona, EHX Mod 11 o el reciente TriceraChorus de Eventide) los analógicos son más sencillos con pocas perillas, que para un par de temas son perfecto (Small Clone, BOSS)
Delays, creo que aquí es muy difícil elegir cual, pero los hay "hybridos" que creo que son la mejor opción, según muchos, describen los delays digitales como fríos o "estériles" y todo lo contrario los analógicos, sin embargo cada uno tienen lo suyo. Los primeros delays fueron los de cinta, que no tenían mucho retardo y son los llamados "slapback", actualmente, de cinta y analógico solo recuerdo el T-Rex, tremendo pedal que no se ve muy seguido. Después vinieron los pedales analógicos, con el fin de olvidarse de la cinta y tener unidades más compactas, (MXR Carbon Copy, BOSS Delay). El Carbon Copy es una bestia, me encanta, tiene un mod incluido que es como un pequeño Chorus, esto lo que hace es emular un defecto que se presentaba en los delays de cinta, esa especie de Chorus, si mal no recuerdo strymon tiene uno muy similar, el strymon volante. Después vinieron los delay digitales, que tienen la ventaja del tap tempo, ping pong y delays muuucho más largos, un clásico el Digital Delay de Boss, aunque hay varios como el Flashback, etc. y Llegamos a los hybridos, como lo es el carbon copy deluxe, tiene la parte analógica como el carbon copy standard pero a este se le agrega un tap tempo muy útil.
Los reverb, en formato pedal creo que no hay analógicos, analógicos solo los hay en amps, y como pedales los hay de varios, con muchas funciones como el Hall of Fame y el EHX Ocean 11 y sencillos pero brutales como el Holy Grail.
Distorsiones, casi no hay digitales porque en verdad, los guitarristas no suelen presentar interés en distorsiones digitales, pero un par de ejemplos son el DigiTech Metal Master y el BOSS Distortion DS-1X, y analógicas las hay pero de a montón.
En fin esto podría seguir y seguir xD