Debe de haber cierto equilibrio al mover las cuerdas ciertas alturas a respetar al igual puedes buscar cuales son las alturas recomendadas para tu tipo de guitarra o en un manual en general, en el buscador hay muchos tutoriales de como ajustar una guitarra y ahí hacen referencias sobre las alturas.
La rotura de cuerdas en esa zona de la cuerda pueden ser por que haya mala distribución de tensión entre la stop bar y el tune matic, pero como dices también puede ser por desgaste de la cuerda.
Así que seria que checaras si las tensiones y alturas están en rangos normales y de ahí ya ver si solo fue un problema de una cuerda, para no perder una tercera cuerda.