Como dice Vidalsh, desinstala completamente el dispositivo de audio, reinicia, reinstala y prueba a ver.
Por otra parte, Vidal, lo de los 48KHz haría que sonara más lenta y grave (resampling) el 100% del tiempo, no sólo a ratos. A mí me pasó con unos mp3 que subí aquí mismo a 48KHz y el reproductor flash en IE no pasa de 44KHz.
Bueno, in_flames, suerte y ya dirás...
Saludos!
Lo que tiene pinta es de que los streams de datos pasan por la CPU y no directamente de dispositivo a dispositivo o que algún dispositivo interrumpe constantemente a otro al realizar cualqueir acción. Claro que también podría ser un mero controlador jodido. Estas cosas no suelen tener una causa estándar y clara, ve haciendo las cosas que hagas siempre una a una, es lo mejor.