Aunque no entiendo muy bien tu pregunta, creo que usar una pedalera con micrófono para voz para añadir efectos no tiene por qué afectar en lo absoluto a tu pedalera. Si mal no estoy, la impedancia o señal de un micrófono es mucho menor a la de una guitarra eléctrica, así que no habría problema con sobrecargar el circuito o cosas por el estilo.
En cuanto a que el sonido quedó "cambiado" o "afectado", es probable que hayas guardado en la memoria de la pedalera el efecto que usaste para la voz. Recuerda que puedes volver a los efectos que traía de fábrica en cualquier momento resetiendo la unidad (ver el manual de tu pedalera).
Mucha suerte.