Seguramente las cuerdas cuando las pusieron no hicieron lo adecuado para que queden bien.. haz lo sigiuente
-Cuanto toques una canción cuando la termines afinala así durante 1 o 2 semanas
-Si sigue así te recomiendo llevarlo a algún lugar donde se dediquen a las guitarras a ver que te dicen..
Yo lo uso en mi guitarra electrica. Es decir que puede ser algo referente a la octavación de mi guitarra?
Yo creo que es mas debido a la octavación, puede que no te estén dando las notas que son y por eso se oiga desafinada (cosa que también debería notarse sin el capo, pero es factible que el efecto sea mucho menor), así que deberías revisar eso primero.
Saludos