Para ese tipo de sonido, lo que debes hacer es adaptar el acorde de la forma en que mejor sonoridad te dé.
Y comenzar a usar esas "disonancias" con fines creativos.
Por ejemplo, en la canción Creep de RadioHead, la progresión de acordes es:
G - B - C - Cm
Si rasguean los acordes con mucha ganancia, notarán, como ya esperan, que los 3 primeros casi no dan oscilación. Pero en el último, en el do menor, ocurrirá la oscilación. Y le da un efecto dramático. Y esto tiene su explicación bien definida cuando hablamos de escalas y armonía. Pero en términos prácticos, significa que los sonidos "feos" también tienen cabida dentro de la música, y que la enriquecen si los usamos en una medida adecuada.
En cuanto al hecho de que aún teniendo sus guitarras ajustadas logren notar dicha oscilación, pues en realidad no es una mala noticia.
Lo que sucede es que en realidad ustedes tienen un mejor oído del que esperaban. Conozco muchos guitarristas que no son capaces de saber cuando están desafinados.
Insisto en afirmar que normalmente los instrumentos con trastes son "desafinados" de manera intrínseca.
Otra forma de afrontar esto es el trasteado en abanico (creo que es basado en una teoría de Pitágoras, pero no recuerdo exactamente cual griego era
)