Yo he tenido las dos, y la Ltd es un guitarrón, pero no es tan versatil como la Jaguar. Y mas esa Jaguar que viene con la posibilidad de poder cambiar las pastillas de Single Coil a Humbucker y combinarlas de todas las maneras posibles.
La Fender Jaguar es una guitarra muy muy versatil, puede meter muchisima caña y tiene unos sonidos limpios que no los he visto en ninguna otra guitarra (y he tenido bastantes, varias de ellas bastante mas caras que la Jaguar).
Por ahí en un hilo subí unos cuantos videos que demostraban que esa guitarra puede hacer practicamente de todo, y creo que la Ltd solo le ganaría en los estilos mas extremos de tipo metal (de los grupos que has mencionado para temas tipo Linkin Park y Metallica, para todo lo demás yo creo que la Fender te iría mejor), aunque he visto en algun video que la Jaguar tambien se puede utilizar en esos rangos. Si encuentro el hilo con los videos te pongo el enlace por aqui...