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Pues parece todo correcto según lo explicas. Las distorsiones y overdrives funcionan mejor en el input del ampli.
Los Delays, Chorus, Reverb, etc. suenan mejor en el Loop de efectos (usando el in y el out del mismo), esto es así porque el loop simplemente es una fase intermedia entre el preamplificador de tu Fender (donde el sonido se modifica y se le da su caracter tonal) y la etapa de potencia (donde simplemente se amplifica al nivel necesario para los altavoces).
El Footswich te sirve para cambiar el canal, pero eso es totalmente independiente del asunto de los inputs, tanto en un canal como en el otro.
Por cierto, el orden del wha y del overdrive, lo normal es poner primero el wha y luego el overdrive, (así lo uso yo), aunque hay quien le gusta lo contrario como al tal Dimebag. Pruebalo de ambas formas.