Hola punissher, lo primero de todo es que la escala de A mayor es A B C# D E F# G#, la que tú has puesto es la pentatónica mayor de A.
Respecto a lo de improvisar, no estoy seguro pero creo que sé lo que intentas preguntar, en el caso de A mayor, viendo sus notas de la escala la pregunta sería, ¿puedo improvisar sobre A mayor utilizando la escala de C# (por ejemplo)? Si la pregunta es así, sin más, la respuesta es no, tendríamos que especificar qué escala es la de C# respecto a A mayor, en este caso hablaríamos de C# frigio y aquí entramos en los modos griegos. Esto es un poco largo de explicar y hacer entender y hacen falta algunos conocimientos previos, ahora mismo te recomiendo que no te compliques e improvises con la escala de la tonalidad, si algo está en E menor, pues improvisa con la escala de E menor y E menor pentatónica, si está en G mayor, pues con la escala de G mayor y G mayor pentatónica, etc. Una vez tengas dominadas estas escalas y sonoridades empieza a expandir tu conocimiento.
Sobre los modos griegos también encontrarás bastante información en el foro.
Saludos.