El pedal no va a afectar nada que esté después de él en la cadena.
1
Ok.
Te voy a relatar cómo suelo ajustarlo:
Con la mano izquierda haciendo contacto con las cuerdas, voy incrementando el valor de la puerta de ruido hasta que el ruido de fondo desaparece.
Te permitirá limpiar bastante el sonido que llega desde la guitarra.
Pero por lo que escribes, no parece ser problema de la guitarra.
Si es una strat, selecciona la posición 2 o 4, para ver si el ruido desaparece.
Además prueba a conectar tu ampli en una habitación distinta, incluso en otra casa, para ver si el ruido persiste.
1
Para conseguir eliminar el ruido que produce EL AMPLI, la puerta de ruido tiene que ir en el loop de efectos (Que me parece que tu ampli no trae), conectándolo como hasta ahora haces, eliminas el ruido que pudiera generar LA GUITARRA o los efectos que hayas conectado delante de la puerta de ruido.