En los '90 la popularidad de las Jaguar y Jazzmaster explotó al ser usadas por varias bandas de rock alternativo y grunge, como Sonic Youth, Dinosaur Jr y Nirvana. (Kurt Cobain usó una Jaguar de 1965 modificada con pastillas DiMarzio y Seymour Duncan, un puente Tune-o-Matic Gibson y circuitos modificados). También se hicieron populares con bandas shoegaze como My Bloody Valentine, Loveliescrushing y Chapterhouse. Entre los usuarios más recientes están Brian Molko de Placebo, Gavin Rossdale de Bush, Grímur Þór Vilhjálmsson de The Beautifuls , James Dean Bradfield de Manic Street Preachers, Boyan Chowdhury de The Zutons, John Frusciante de Red Hot Chili Peppers y Win Butler de Arcade Fire.
Fender repuso la versión de 1962 de la Jaguar en 1999 como parte de su American Vintage Series (de las que existen versiones económicas japonesas desde 1986 aproximadamente). Desde entonces, se han lanzado otras variaciones, incluyendo varias versiones de humbucking pickup y un Jaguar bass guitar en 2006. La reciente línea de guitarras Fender Toronado comparte la forma del cuerpo de la Jaguar.
