El medir 12Vac en secundario de un trafo de 9Vac, es porque es en vacio, sin carga, en cuanto tengas la suficiente carga, te medira 9Vac +-.
El tema de los diodos..... yo usaria un puente de diodos de unos 5A minimo para una salida simple de 9Vcc contando los 2,5A de corriente de cortocircuito. Ej: KBPC1001 hasta el KBPC1010 , que aguantan 10A, asi no habria que disiparlo, y por el precio que cuestan.. no vale la pena poner In4007, que por cierto aguantan 1A a TOPE a 55º!!!, utilizables unos 500mA y de paso respondo a post anteriores que lo ponen como ejemplo (mal ejemplo).
En tu esquema, el C3 esta mal colocado, tendria que estar a la salida de C4, en el lado de la carga, ya que aparte de filtrar el HUM, mejoran la entrega de tension en respuestas rapidas.
El 7809 tendria que estar MUY BIEN DISIPADO, ya que si entrega hasta 1,5A A TOPE segun datasheet ( que no es real ), y en corto pide hasta 2,5A ... piensa en ello, es casi el doble de la intensidad maxima que soporta.
Sobre el encapsulado... mejor TO-3 que TO-220, aunque ya empiezan a escasear, pero al tener mayor superficie de contacto, tienen menor resistencia termica (por simplificar) y conducen mejor el calor.
Cuanta mas intensidad de salida, menor filtraje entrega, por eso tambien lo de sobredimensionar los electroliticos.
Yo protegeria el trafo con fusibles rearmables, dependiendo del amperaje del trafo, uno en secundario de 3A (si el trafo lo aguanta) y otro en primario dependiendo del trafo ( calcula el fusible a un 30-50% mas del amperaje maximo que soporta lo que quieres proteger ).
EJ: http://www.electronicaembajadores.com/Productos/Detalle/13/FUPPRU250/fusible-pcb-radial-rearmable-ru-2-50a-30v.
Una vez diseñada la fuente basica con estos datos, es hora de adaptarla a nuestras necesidades, y seguir eleminando ruidos de fondo.
Para ver la calidad de filtrado de una fuente, hay un truco sencillo.
Conecta un OD o distorsion, ponlo a tope de gain, y compara el ruido conectandolo con una pila o con la fuente, asi sabras de una forma facil si el filtrado es correcto, con la pila no debe hacer casi ruido, solo el especifico del pedal.
Si con la fuente mete mucho mas ruido... hay que mejorar varios aspectos, que ya entran en adaptar el diseño a nuestras necesidades.
Saludos