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Podes probar hacer las dos cosas y ver cual te gusta mas.
A mi al principio me pasaba algo similar, como mis anteriores amplis no tenian loop de efectos conectaba la pedalera por el input.
Actualmente la tengo conectada por el loop en mi actual amplificador y me gusta como suena.
Saludos, mis amplis no tienen el dichoso loop de efectos, son basicones, pero la idea segun yo del loop de efectos es introducir tu cadena de efectos entre el preamp y la etapa de potencia, osea es conectar tus efectos entre el fx out y el fx input o return...
Saludos y suerte...
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Tambien se puede usar solo el retorno del ampli.
Guitarra a pedalera a return a ampli.
Si tu pedalera tiene simuladores de amplificadores (como mi Boss GT6), usal el preamp de la pedalera y la etapa del ampli. Evitas usar dos preamps simultaneamente.
Si solo usas efectos como reberb, delay etc. no es necesario.
Saludos.