Mi opinión personal, es decir, lo que yo haría en tu situación sería utilizar una pastilla "de menos salida" (de mástil por ejemplo) para las cuerdas graves y otra con algo más de salida para las agudas, me explico:
La señal de salida de la pastilla está condicionada por cómo afecta el metal de las cuerdas el campo magnético de la pastilla. Cuanto más gorda es la cuerda mayor es la señal final porque mayor es la perturbación en el campo magnético. Normalmente las pastillas estan "más o menos" diseñadas para compensar esto (hablo de pastillas de 8 cuerdas donde la cuerda más gorda es diez veces, o casi, más gruesa y masiva que la más aguda) por eso las pastillas de ocho cuerdas tienen más diseño y desarrollo que las pastillas de seis cuerdas actualmente (las frecuencias/afinación es la razón principal y el nivel de salida de las cuerdas el segundo).
Generalmente esto lo compensamos un poco mejor poniendo la pastilla más cerca de las cuerdas agudas que de las graves he ahí tu problema con esa configuración por eso te sugiero una pastilla de menos salida para las graves.
Otra razón es que las pastillas de menos salida son más limpias a la hora de leer esas frecuencias más graves y dan un sonido más nítido y definido.
Por ponerte un ejemplo si decidieras comprar un ser de pastillas Seymour Duncan Distortion usaría la de mástil para las cuerdas graves y la de puente en las agudas. Si compraras el set de las Alnico II Pro o las '59 te sugeriría lo mismo. Si por el contrario compras dos iguales (las seth lover, o dos Gibson 490R, o dos DiMarzio PAF 35th anniversary) pues tendrías que usar tu oído para ajustar la altura de las pastillas de la mejor forma posible.
El mayor problema lo vas a tener, en parte, en las cuerdas del medio donde ambas pastillas van a captar las cuerdas... Si ambas pastillas están en paralelo no va a pasar nada pero si las bobinas en serie sí notarás que esas cuerdas suenan más fuertes...
Afortunadamente cablear las pastillas en serie/paralelo y diversas configuraciones es fácil y rápido y probando conseguirás la mejor solución así que te recomiendo que no tengas miedo.
Sobre las pastillas que tengo: no hay problema. Por lo pronto nadie me ha ofrecido comprarlas así que probablemebte tengas tiempo más adelante de interesarte. Lo bueno de las pastillas que te ofrezco es que una es de 5" de largo y la otra de 4,5" así que son suficientemente largas para alcanzar las 8 cuerdas y con la inclinación adecuada sin necesidad de inventos de dos humbuckers ni nada. Tienes tiempo, quizá tengas suerte.
La escala de 25,5" a 28" me parece idónea. La mía la hice de 28" a 31" y el sonido de las cuerdas era maravilloso pero para tocar era un poco excesivo. Si la volviera a fabricar ahora optaría por el mismo largo de escala que has escogido tú o quizá 26"-28,5" un pelito más.
PD: la guitarra me recuerda a una mezcla de la Fireman de Ibanez (la signature de Paul Gilbert) y una BC Rich Wave... Me gusta!!!!