Yo he limpiado alguna vez con alcohol porque lo vi "recomendado" por ahí y no he tenido ningún problema, incluso sobre diapasones de arce barnizados en los que tenía miedo de que se disolviera el barniz (no sé por qué

)
Respondiendo al tema principal, supongo que no hay manera de evitar que la suciedad se acumule en el diapasón, pero si te lavas las manos antes de tocar y después de tocar limpias concienzudamente las cuerdas y el mástil de todo el sudor que hayan podido coger, la acumulación de suciedad seguro que será mucho menor.
Y luego, cuando tengas suciedad, gasolina de zippo para limpiar y cuando sea necesario aceite de limón para hidratar si el diapasón de tu guitarra es de ébano o palorrosa. Cuando sea necesario, no muy de vez en cuando ni necesariamente siempre que se limpie el diapasón! Sólo cuando se vea que está resequillo.
En cuanto al aceite de limón, se usa para hidratar, no para limpiar, como ya han comentado algunos compañeros. Primero limpiar con los productos adecuados y luego ya si eso hidratar con el aceite.
Un saludo!