Prueba con la pastilla Humbucker solo, puede ser que el ampli esté captando el ruido de las pastillas simples y amplificándolo.
Hay pastillas que no están preparadas para soportar altas ganancias y con demasiada saturación suenan mal. Si tocas con mucha distorsión, probablemente la pastilla simple suene peor que las humbuckers. La forma en que esté todo por dentro, la calidad de los componentes (no sólo las pastillas, los potenciómetros, el jack, ...), también influyen. Creo que una modificación relativamente sencilla, que cuesta poco dinero y que puede reducirte mucho el ruido es apantallar la guitarra. En este foro y en otras webs debe haber muchísima información al respecto.
Hace poco lo hice con cinta de cobre adhesivo para una guitarra mía que he ido mejorando poco a poco, aunque también puedes usar pintura conductiva si buscas un resultado más profesional.