Es extraño, en mi bajo fretless no pasa
Bromas a parte, en el punto en que la cuerda toca el traste tiene que sonar entonada, eso lo consigues ajustando las selletas del puente ¡¡¡y la altura de las cuerdas en la cejuela!!! (de lo contrario va a ser imposible que te suene entonada en los primeros trastes). Ahora, suponiendo que la guitarra ya esté correctamente quintada, si pasas del punto en que la cuerda está tocando el traste y sigues apretando hasta que la cuerda toca el diapasón, es lógico que te suba la frecuencia de la nota porque estás estirando la cuerda entre dos trastes, tanto más cuanto más alto sea el perfil de estos; justo como si hicieras un bending pero apretando hacia abajo.
Un saludo.