Antes de reinstalar Windows y cambiar de disco duro...primero...¿has chequeado el cable?

¿qué tipo de "minijack" utilizas?
Los micros...son MONO al igual que el 99% de las guitarras (SI, porque en ese 1% existen engendros "pseudoestéreo" con "doble mono por las salidas diferenciadas en un conector Jack stereo..) así que en una conexión de una salida MONO tienes dos opciones... o se "puentea" la señal a ambos canales L+R o se desvía a uno sólo L ó R !
Existen incluso, mucho cuidadito, un tipo de conectores minijack aéreos que funcionan en modo "mono/stereo" según esté más o menos "apretado" el conector (más profundo o menos)...los hay incluso con una especie de "click"...pero he visto conectores "del chino" (aunque los venda Carrefour) que a veces son inestables...van "flojos" y si la conexión no está alineada con las estrellas, sencillamente la señal NO PASA... y ya te puedes volver loco a pelear con los drivers de la carta de audio, el mixer virtual,etc,etc...
Primero Chequea que todo funciona BIEN.

Mejor, provéete de algún conector "puente" especialmente hecho para la conexión adecuada que necesitas... un buen NEUTRIK son unos 4€ así que...
Los minijacks evidentemente son más inestables y perecederos que los jacks y aún mejor los XLR cannon..
Mantén cableado corto, pero lo suficientemente largo para no dar tirones...
Asegura la cabeza/terminal del cableado del ordenador de alguna manera, enganchándolo a otros,etc...
Cuando todo vaya bien (el carrackkkk sssshhhraakkkkkkk que hará el cable cuando toques con la punta del dedo con toda la rutina de audio abierta...) puedes pasar a ajustar software a tu medida. Ese es otro capítulo apasionante:D
Si el cable es válido

y no hay falsos contactos misteriosos

, recuerda que Windows es un sistema inventado por los alienígenas

para invadir el planeta porque estamos todos distraidos intentando arreglar sus deficiencias y no seremos conscientes del ataque inminente y masivo...
Así pues, no te duermas

y vigila las contradicciones del sistema por ejemplo en relación al mezclador interno de audio de windows propio, rutinas abiertas o cerradas (canales muteados,etc..) volúmenes misteriosamente bajados....etc...
Incluso recuerda que puedes disponer de la posibilidad de incrementar el volumen de una señal de micro entrante en 20db opcionalmente (aunque es una solución RUIDOSA) dependiendo claro del hardware.
Si todo lo demás falla...

, probablemente sea la entrada al software de grabación...aunque si te falla todo en diversos programas, está claro que el problema está antes.
Yo revisaría el mezclador de audio de windows...(panel de control icono de altavoz) abre las pestañas de GRABACION y no sólo de REPRODUCCION...
salu2

VANG