Hola compañero. No hay nada raro en lo que cuentas. Cuando tú mandas la señal de la guitarra a cubase, éste recibe dicha señal en crudo y la rutea a la pista que elijas. Al cargar un ampli virtual, este ampli colorea tu señal para que parezca que suena a través de un ampli real, pero no la mezcla con la señal directa. Sólo hay una señal y es la que pasa por el ampli. Si desactivas la cadena de plugins vuelves a tener señal cruda. El proceso es el mismo que si tuvieras un ampli real.
Pero con un ampli real si lo apago no suena nada, si en el plugin apago el ampli, la pantalla y los pedales no se deberia escuchar nada y se escucha la señal cruda como dices, entonces ¿cuando conecto el ampli del plugin significa que se mezclan la señal cruda y la procesada o se anula la señal cruda y solo sale la procesada?.
Lo pregunto tambien porque no consigo un buen sonido limpio con estos plugins, y me da la sensancion de que puede que sea porque está esa señal cruda siempre presente que ensucia el sonido.
Solución elegida por el creador del hilo (ivan_halen)
A ver, no nos liemos

La comparación con un ampli real nos ha llevado a equívoco, yo me refería al paso de señal por las diferentes etapas de un ampli. Olvidemos esto y centrémonos en el cubase.
La señal que sale de tu guitarra va a la entrada de la Scarlett, por ejemplo el in-1. En la pista de cubase configuras la entrada de señal como mono in, y la salida a un bus, mono out o stereo out, da igual en este caso. La monitorización de la Scarlett está desactivada. Bien. Si no activas la monitorización de la pista de cubase, no se oye nada porque no hay monitorización por ningún lado. Si la activas, y no hay ninguna inserción, se oye sólo una señal, que será en crudo. Si añades un plugin (un ampli virtual), esa señal directa se procesa y suena a través del ampli virtual. Pero en ningún caso suenan dos señales, directa y procesada. A la pista sólo llega una, que se procesa o no dependiendo de si insertas o no un plugin cualquiera. Espero que se entienda.
De acuerdo, entonces entiendo que aunque parezca que haya dos señales porque al desactivar el ampli suena la señal cruda, en realidad lo que pasa es que al activar el ampli la señal cruda desaparece, ¿correcto?.
Era una duda un tanto chorra que tenía.
Gracias Tarantino.
Depende de cómo se configure la ruta de la señal. Lo deseable es que si no se monitoriza no suene nada (vamos, lo que suena una guitarra sin enchufarla), si suena sin activar la monitorización es que hay un sonido directo sin procesar y el procesado se sumará a ese.