Lo que tienes que hacer es crear 2 pistas mono, y a cada una cargarle un guitar rig, en la primera pista pones la dist, y en la segunda el limpio.
Luego, en la segunda de ellas tendras que asignarle el canal nº2 de entrada para que no te suene la primera guitarra.
Esto siempre y cuando estes usando el guitar rig a traves de un software daw (cubase, reaper, audition, logic, etc)
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La solución de Conisio es buena. No obstante, supongo que estarás usando la versión stand-alone (ejecutar el Guitar Rig a pelo, no desde otro software). En tal caso, prueba a ejecutar 2 veces el programa (no sé si se puede, la verdad), y asignarle a uno la entrada L y al otro la entrada R. Cuando viene gente a casa yo hago eso, pero uso 2 programas distintos (Guitar Rig para el canal 1 y Amplitube para el 2, ambos en stand-alone)
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Muy buenos sus consejos! gracias a todos!