Hola!
Puede ser por varias cosas...
1. Secciones en que la cuerda sufre cambios de tensión (puente y pala).
Fíjate bien en la cejilla blanca de la parte superior y en el puente de la guitarra. A veces hay hendiduras que se han ido generando por el desgaste y que generan rebordes y picos que pellizcan la cuerda... Si encuentras algo extraño, limarlo con un papel de lija muy muy finito puede que te solucione el problema. Si ves que persiste, mejor acude a un luthier.
2. Las cuerdas nuevas que estés poniendo no están tan nuevas. O quizá estuviese defectuosa.
3. La clavija nueva está pasada.
4. Mira si el mástil está bien encolado/ no se ha dado un golpe ni nada así... Para fijarte si está recto y la guitarra quintada pon el puente a la altura de tus ojos y mira hacia la pala. Si lo ves extrañamente torcido, necesitará un buen arreglo.
No soy luthier profesional, pero he ido aprendiendo estas cosas con el tiempo... Espero puedas encontrar el problema!
Un saludo