Pongo este post no para buscar ayuda si no para poner la solución por si a alguien le pasa lo mismo alguna vez (así aumentamos la knowledge base )
El tema es que estuve trasteando con la configuración de audio del PC y después al iniciar Guitar Rig se me acoplaba de una manera brutal. El problema era que donde tenía conectada la guitarra lo había definido sin querer como entrada de micro. Definiéndolo de nuevo como Línea de entrada (sin especificar) se soluciona el problema del acople.
Seguramente será una obviedad para muchos pero para otros que no controlan mucho (como yo) puede ayudar.
chau!