Tu problema es en realidad muy fácil de solucionar, en la parte inferior de la pantalla, donde estan las diferentes pistas (track) al lado de volumen hay un control llamado pan, si lo mueves hacia el centro el sonido saldrá por ambos lados.
Te refieres a que tienes conectada la guitarra a la computadora y solo escuchas por un lado, o la pista de la guitarra en el guitar pro es el problema, si es asi, la solucion ya te la dieron, de lo contrario como estas conectando la guitarra???