Al poner una afinacion distinta a la standard modificas la tension original de la guitarra, motivo por el cual te trastea. Puedes solucionarlo facilmente poniendo cuerdas de un calibre mayor, pero seguramente necesitara un reajuste general ya que al poner un calibre mayor posiblemente necesitara un ajuste del alma y de la altura del puente. Si es una guitarra de segunda mano lo mejor que puedes hacer es que un Luthier de confianza le de un vistazo.
Pues eso es lo que voy a hacer esperó solo tenga que ver con eso la verdad
Lo que te sucede es que al bajar de afinacion, el mastil toma otra posicion, se curva el alma, puede deberse a que la calibracion de fabrica sea quizas un poco defectuosa (a no ser que en MI no trastee en absoluto, pues es lo standar), lo ideal seria partir dejandola en la afinacion deseada (si es permanente) y luego calibrar el alma. Agregando que si las cuerdas estan bajas (o muy bajas) ya de por si trastea al bajar la afinacion, pues sin tension las cuerdas caen por gravedad y el mastil no recibe la tension del alma. Creo que es pura calibracion. Quizas subiendo la altura desde el puente ya no trastee mas, siempre y cuando el mastil este relativamente derecho y la altura te quede comoda