La explicación a tu problema es muy simple: bajar un número el calibre de cuerdas, (en lineas generales) lleva consigo una reducción de la tensión ejercida sobre el mástil, lo que puede dar lugar a la aparición de trasteos, como es tu caso.
Para solucionarlo basta con actuar sobre el alma. Un pequeño giro bastaría para dejar la guitarra libre de trasteos. Y si aún así sigue persistiendo el problema, siempre estás a tiempo de sustituir esas cuerdas por otras del mismo calibre que las usadas antes que decidieses poner las nuevas que tienes ahora.
Tal y como lo describes no te hace falta lijar trastes.