Utiliza un multimetro para comprobar el estado de la pastilla y salir de dudas, revisa las conexiones del selector.
Si las pastillas son de cuatro cables es posible que sea alguna conexión que no esté bien, porque es muy raro que una pastilla se estrope y más dos veces lo mismo, yo no creo que la electrónica de la guitarra pueda estropear la pastilla.
Estoy de acuerdo con Gustavo, yo cuando empecé a montar mis propias pastillas hice algunas barbaridades con el cableado y nunca se rompió ninguna. Pero efectivamente, si son pastillas que admiten coil split, el cableado puede ser incorrecto, y puede que se esté poniendo en modo single.
Tienes un potenciómetro push/pull instalado? Revisa que no esté a medio pulsar o que los cables que sirven para coil split no estén bien aislados si no está instalado.
Suerte!