muchas veces es por la calidad del puente, no necesariamente afecta a varias cuerdas a la vez, puede que sea a una sola....revisa bien si esta cerrada correctamente la pieza del puente que la sostiene o si esta bien encordada dentro del mismo...es lo que recomiendo
la 3ra cuerda siempre es una maldicion .....creo que el problema podria ser que la cejuela no esta bien lubricada o que estas dando demasiadas vueltas en la clavija de afinacion al poner las cuerdas.
¿Has mirado que el clavijero de esa cuerda en particular este bien fijo? Hay veces que el tornillito se suelta un poco.
Yo tenía ese mismo problema con una Yamaha. Lo solucione en gran medida lubricando bien las partes en las que las cuerdas tienen algún contacto con la guitarra. Prueba a darle con grafito de un lápiz blando tanto en el puente como en la cejuela. También apretando bien los tornillos y tuercas de las clavijas de afinación.
Y para evitar que las cuerdas se escurran, vi un truco que usaba Jeff Beck, creo, que consistía en soldar un poco de estaño en la parte de la bola de manera que cubriera toda la bola y parte del entorchado. También has de realizar bien el atrapado de las cuerdas en el clavijero a la hora de ponerlas, de modo que cuanto más se estire la cuerda más se apriete. Consiste en pasar primero la cuerda por debajo y luego por arriba, de modo que la cuerda quede atrapada en medio. Estas dos últimas cosas evitan que las cuerdas se escurran en los puntos de ambos extremos, y mantendrán más estable la afinación.
Si no tienes experiencia de como se debe calibrar una guitarra, o mover alguna de sus piezas, sera mejor que visites un luthier y que este te diga cual e el problema y que te vaya explicando como se hace. Es mejor prevenir que lamentar