Los programas reconocen normalmente y diferencian las dos entradas como L y R (derecha izda en inglés).
Mira primero qué sucede si conectas dos instrumentos a la vez. ¿se escuchan ambos? Y si los intercambias?
Hola. No sé qué puede ser. Pero yo reinstalaría de nuevo los drivers de la Scarlet. Si no, tal vez esté relacionado con el DAW que usas. A mi con el Cubase me daba problemas similares y tuve que estar ajustando el compresor para mejorar el volumen. Saludos
Has tenido en cuenta si el micro es de condensador? Me parece que la interfaz tiene un botón a propósito. Míralo porque tal vez sea algo de eso. (Yo tengo una igual pero todavía no la he sacado de la caja).