Hombre... puede pasar que cuando lo enciendas, si pisas hacia delante y hacia atrás haga un sonido raro, así como Wah-wah...
En serio. No pasa nada por poner delante pedales. Yo uso una motu, y antes de eso una presonus, con amplitube en reaper o logic. Uso la misma pedalera que enchufo al ampli, con wah, rotovibe, fuzz, octavador, chorus, etc, y no da ningún problema. El comportamiento no es el mismo que con el ampli, ni mejor ni peor, tan solo la diferencia que podría haber entre dos amplis distintos. Pero no hay ningún problema por usar los pedales.
Si no tienes una simulación de ampli (guitar rig, revalver, amplitube...) hay pedales que tienen salida simulada que puedes usar poniéndolo el último en la cadena. Me viene a la cabeza la serie HT de blackstar, pero he tenido otros...