A que al aflojar las cuerdas el puente no haya quedado igual colocado, aunque aparente estar absolutamente igual.
Podrias probar de regular la altura de las selletas si es que tienes un puente que lo permita, puesto que no sabemos ningun dato ni del puente ni de la guitarra.
En caso de ser alguna con un puente tipo tune o matic (les paul, sg, ...) es tan facil como aflojar de nuevo las cuerdas y subir un poquito el tornillo de ese lateral. Si es tipo strato las selletas llevan unos tornillos para cada selleta. Y si es un puente flotante pues parecido al TOM.
Tambien puede ser que se haya movido un poco la madera del mastil, o de la sujecion de esta si es una guitarra con mastil atornillado y de una serie de gama medio-baja o baja.
No se, pon datos de la guitarra y vamos a ver si lo conseguimos.
Finalmente parece que pude arreglarlo. La guitarra monta un floyd rose licencia, lo desmonté, limpié y cambié las cuerdas, y ya no trastea, quizá un poco si pulsas como un bestia, pero es normal. El motivo, creo que al bajar la tensión, los muelles tiraron del puente hacia atrás y las cuchillas del floyd dejaron de hacer buen apoyo sobre los pivotes. Así que aviso a navegantes!
Gracias a ginard por tu respuesta, es lo que me ha hecho desmontar hasta entender el motivo.
Saludos.